En los últimos años, la biología molecular ha pasado por una serie de revoluciones técnicas. La RT-qPCR es una técnica con un papel principal en una de estas revoluciones. Desde su aparición, los análisis de expresión génica se han vuelto cuantitativos, más baratos y más rápidos, por lo que son más populares en la comunidad científica, difundiendo su uso por todos los laboratorios. Sin embargo, la técnica no es tan sencilla como la mayoría de los investigadores piensan. La incorrecta implementación de la RT-qPCR conduce a resultados inconsistentes e irrepetibles. Sin embargo, incluso en este momento, hay investigadores haciendo esfuerzos para reorientar esta situación estableciendo una serie de directrices como en el caso de las normas MIQE. Uno de los temas más problemáticos es la estimación de la expresión génica mediante la normalización de los resultados crudos de RT-qPCR. Por lo general, casi todos los investigadores consideran que la normalización se debe realizar utilizando genes de referencia con expresión estable en cada condición o tejido, los denominados genes «constitutivos». Sin embargo, este concepto ha sido superado por la experiencia que muestra que la selección de los genes de normalización debe lograrse a través de procedimientos experimentales siguiendo un «código de buena conducta» como las directrices MIQE.